Братя Шкорпил имат особен принос и за проучването и популяризирането на християнската култура в българските земи. В своите първи публикации Карел Шкорпил дава ценни сведения за църкви и християнски паметници от различни епохи и различни райони на страната. През 1896 г. проучва и описва важната за българската история църква „Св. Четиридесет мъченици“ във Велико Търново, с ценните надписи на Омуртаг и Иван Асен II, където през 1185 г. е било обявено въстанието на братята Асен и Петър, довело до възстановяването на Българската държава. Заедно с Хермин, публикуват свои изследвания и наблюдения върху някои средновековни църкви и техните некрополи в София, дават ценни сведения за разрушени и изчезнали завинаги църкви и за намерени руини от църкви край селата Голица, Варненско; Марян, Еленско; Конаре, Новозагорско; край град Мидия (в европейската част на дн. Турция); в Семендрия (в дн. Сърбия) и много други. Публикуват някои интересни раннохристиянски надписи намерени във Варна и за първи път обръщат внимание на значението на града като център на новата държавна религия в Римската империя през късноантичната епоха (IV-VI в.). В същото време предоставят част от откритите находките за публикуване и от чужди учени, с което ги правят достъпни и за изследователите в Европа и света.
Едни от най-значимите им открития са разкопаването на голяма базилика в Абоба-Плиска, с откритите християнски паметници – надписи, печати, кръстове, графити и други материали, свързани с началото на християнството в страната. Разкриването на части от двореца и външната периферия на изключителната по своя план и богата архитектурна украса т.нар. „Кръгла“ или „Златна“ църква на цар Симеон І в Преслав, един от шедьоврите на средновековното църковно строителство в България. Откриването на раннохристиянската църква в м. Джанавара, южно от Варна, с намерения в криптата под олтара единствен в света комплект от три реликвария – мраморен, сребърен и златен, поставени един в друг. Проучването на едноабсидна трикорабна базилика край с. Шкорпиловци, Варненско, където са открити едни от най-красивите раннохристиянски подови мозайки в България от V-VI в. Експедициите и проучванията им посветени на многобройните скални обители – килии, манастири и отшелнически убежища, широко разпространени в Североизточна България, поради особения й карстов произход.
Двамата полагат огромните усилия за развитието на християнската археология и популяризирането на християнската култура в българските земи.
Карел Шкорпил подготвя монография на тема „Християнските паметници от Черноморското крайбрежие на Балканския полуостров до XI в.“, която трябвало да бъде публикувана на английски език от американския учен-византист Т. Уитмор. Ръкописът не е публикуван, големи части от него са преведени на английски, но необработени. Оригиналният текст с повечето снимки, всички планове, цветни рисунки, скици, чертежи и др. към него липсват. През 70-те години на XX в., части от ръкописа с други открити материали от него са върнати на Археологическия музей във Варна и стават част от архива на Карел Шкорпил.