Погромите на България през войните между 1912 и 1918 г. прекъсват развитието на музейното дело в страната. Въпреки това Карел Шкорпил използва всяка предоставена възможност за проучвания и разкопки. По времето, когато българските войски се намират на територията на съседните балкански държави, той успява да проучи няколко археологически обекта, обитавани от траките през античната епоха в тези земи.
Шкорпил изследва обстойно старините в древния тракийски град Виза в дн. Европейска Турция, където прави малки разкопки. Изучава тракийските старини в района на гр. Димотика и Филипи (в дн. Гърция), търси следи от траките и в околностите на античното пристанище и важен черноморски град Истрия, недалеч от устието на р. Дунав (в дн. румънска Добруджа).
По време на Първата световна война, поканен като най-добрият специалист от ръководството на Българското археологическо дружество в София и от Главното командване на българската армия в Македония, Карел Шкорпил провежда  разкопки в древния некропол при с. Требенище край Охрид. Малко по-късно със съдействието му и на базата на неговите проучвания и открити материали, е написана монография от директора на Народния археологически музей д-р Богдан Филов.