Макар и неспециалист-епиграф и не познаващ старите езици, Карел Шкорпил има големи заслуги за издирването и издаването на епиграфски паметници от България. Заедно с брат си Владимир, а по-късно и с Хермин, той издирва и обнародва в наши и чужди издания, множество гръцки, латински и старобългарски надписи.
Шкорпил е снемал от надписите по няколко преписа в различни времена, за да осигури точността на прочетеното. Окончателното им разчитане, допълване и тълкуване, особено на по-трудните текстове, е било извършвано в повечето случаи от други учени. При това заслугите на Карел Шкорпил като издирвач и издател на надписи са безспорни и много големи. Благодарение на неговата епиграфска дейност, от многото вече загубени или станали недостъпни надписи са запазени преписи, които са от неоценима полза за науката.
От важно значение са заслугите на Шкорпил за издирването, събирането и издаването на т.нар. първобългарски надписи. Заедно с брат си Хермин, пръв събира и издава всички известни до 1896 г. първобългарски надписи и така поставя основите на епиграфиката в България.
