Карел Шкорпил умира на 10 март 1944 г. в София. Съгласно решение на сдружение „Българска старина“, взето няколко години преди това, по негово желание, опелото и погребението се извършва при развалините на първата българска столица до гр. Плиска. Населението от Плиска и околните градове и села устройват истинско всенародно погребение на големия учен и добър човек Карел Шкорпил, в което се включват и духовенството, официални власти, учениците и няколкохиляден народ.
„На 13 март в Шумен пристига специален влак с тленните останки на Шкорпил, придружени от близките на покойника и директора на софийския музей. Посрещнати са от началника по гарнизон, военна музика, хиляден народ, начело с официалните власти и членовете на „Българска старина“. От Шумен шествието продължава за Мадара, където тленните останки са посрещнати с венци и цветя. Ученически хор изпява траурен марш, а един учител произнася реч. Влакът продължава за Каспичан, където пристига точно в 12 часа. На гарата ученици от Варна и Каспичан са наредени в шпалир, а пред вагона е застанала почетна стража. При изнасяне на ковчега почетната стража и войниците на гарата вземат пушките за почит. Тук са пристигнали и представителите от Варненската градска община, Български морски народен сговор, Археологическото дружество и музей, младежи от девическата и мъжката гимназии във Варна, много негови приятели и почитатели, десетки каспичанци. На перона архимандрит Инокентий, негов ученик и приятел, прочита кратка заупокойна молитва, след което ковчегът се поставя на катафалка. От гарата траурното шествие тръгва бавно за мястото на вечен покой, като към средата на пътя вече е наброявало над 2000 души.
Пред Плиска, въпреки дъжда, шествието е посрещнато от духовенството начело с Шуменския епархийски наместник и множество народ. Църковните хоругви и траурни знамена са носени от ученици от Плиска и от Нови пазар. Прочетена е кратка заупокойна молитва, след което внушителното шествие продължава към развалините. Там, на мястото където е била дворцовата църква, се извършва опелото и погребението на покойния учен. Уредникът на Археологическия музей във Варна и заместник на Карел Шкорпил Милко Мирчев произнася надгробно слово, след което се полагат венците.
След погребението при развалините се слага народна трапеза за Бог да прости. Ив. Моллов и Йордан Господинов, представители на сдружението „Народна старина“, говорят за големите заслуги на именития покойник за старините в Плиска, Преслав и Мадара. Те апелират всички, които посещават Плиска, да не забравят да се поклонят на гроба на дядо Шкорпил, скромният труженик, който ни научи да обичаме нашите старини, защото те ни говорят за нашата минала слава и величие.“
.
Каменният кръст на гроба на Карел Шкорпил е поставен от дружеството „Народна старина“, пренесен през лятото на 1944 г. от старите гробища на село Калугерица (дн. кв. на Каспичан) от XIV в. Проекта за украсата на гроба е дело на архитект Кирил Рачев от Шумен.