Карел ШкорпилДо Освобождението, българските земи са били посещавани и проучвани от редица учени и пътешественици. В техните описания обаче се срещали предимно сведения за българските хубости и за живота на българския народ, само мимоходом се споменавали отделни паметници и находища на старини, сведенията за които били много оскъдни и не давали ясна представа за останките от старите култури по нашите земи.
Следвайки стъпките на по-големия си брат Хермин, Карел Шкорпил идва в България в края на XIX в., за да даде и той своя принос в просветното дело на новоосвободената ни страна. Още с пристигането си, Карел e запленен от красотите на „новата си родина […] към която хранехме симпатии още преди да се заселим в нея, благодарение на нашия близък роднина Константин Иречек, който ни заинтересува за нея, когато ни прочиташе ръкописните си бележки за приготовляваното от него съчинение „Българска история“. Още повече го увличат неизследваните от никого ценни археологически старини, които се виждат навсякъде из българските земи и тяхното проучване и запазване става същност и основна цел на живота му. Остава до края на дните си в България и работи всеотдайно в интерес на нейното научно и обществено дело.
Математик по образование, Карел Шкорпил имал разностранни интереси, предимно в областта на географията, историята и археологията. Всяка ваканция, всеки свободен ден той използва за проучване и събиране на исторически и археологически материали, по своя инициатива и на свои разноски, практика, до която прибягва и по-късно. Работи неуморно цели 60 години, като през това време открива и изследва много мегалитни паметници; селищни и надгробни могили; останки от стари пътища и мостове; развалини на стари селища, градища и крепости, римски кастели; гранични и защитни окопи и валове; отделни гробници и некрополи; старохристиянски църкви и манастири; гръцки, латински, прабългарски и славянски надписи; плочи с релефни изображения; архитектурни късове (колони, капители, бази, архитрави); статуи; османски укрепления и др.; събира етнографски паметници; записва множество легенди. Резултат от тази му дейност са не само редицата статии, монографии и книги на български, руски, чешки, френски и немски език, но и многобройните дебели папки, пълни с още суров и необработен научен материал, запазен в архивите.
Първите научни изследвания на Карел Шкорпил са насочени към историческите паметници в Южна България. Благодарение на него се появява първото описание на уникалните мегалити в Странджа и Сакар планина. За първи път той разделя многобройните могили, с които е осеяна нашата страна, на „селищни“, „погребални“ и „надгробни“. Най-важните му археологически проучвания са свързани с местата на съществуването на Първата и Втората българска държава. Откритието, че Абоба (Плиска) е първата българска столицата, а не Преслав, както се е смятало до тогава, е най-голямата заслуга на Карел Шкорпил към българската историческа наука. Първите му професионални работи са написани и издадени на достъпен български език, за да бъдат разпространени в България и да бъдат четени от българите. Шкорпил е притежавал изключителна научна интуиция за любител-археолог. Всяко място, където е трябвало да се правят проучвания, е било посочвано от него и се случвало така, че години наред да не се прибавя нито един нов паметник към посочения от него конкретен обект или територия на изследователски интерес. Впечатляващи са територията и броят на паметниците, които Карел първоначално с брат си Хермин, а по-късно сам успява да обходи, да документира и в последствие да публикува, съчетавайки всичко това с ежедневните си учителски, обществени и семейни задължения.
През годините авторитета на Карел Шкорпил непрекъснато расте. Той е ценен и уважаван научен работник не само у нас, но и в чужбина. Член е на експедицията на Виенската академия за проучване на Черноморското крайбрежие. Проучва и ръководи разкопките в Абоба-Плиска, предприети по негова инициатива от Руския археологически институт в Цариград. Проучва Преслав, прави археологически сондажи във Велико Търново, заедно с брат си Хермин правят първото документиране със скици и снимки на Мадарския релеф и надписите, а 30 години след това проучва и Голямата пещера в Мадара. По време на Балканските и Първата световна война, Карел Шкорпил е специално поканен от Българското археологическо дружество, да изследва българското археологическо наследство, останало извън границите на родината ни.
За своята многостранна научна и обществена дейност Карел Шкорпил е провъзгласен за член на много български и чуждестранни институции и е отличен с множество ордени, медали и почести. Бил е член на Имперския археологически институт със седалище в Берлин, Рим и Атина; Руския археологически институт в Константинопол; Одеското дружество за древна история; Австрийския императорски и кралски институт по археология във Виена, Българската академия на науките в София; Румънското нумизматично дружество; Народно-стопанския и социален отдел на Масариковата академия на труда и др.
Княз Фердинанд отличава Карел Шкорпил с Народен орден за граждански заслуги V степен, а по-късно го награждава с почетен кръст на Българския народен орден „За граждански заслуги“. Цар Борис III присъжда на Шкорпил сребърен медал „За наука и изкуство“ I степен, а през 1926 г. го назначава за почетен чехословашки консул във Варна и веднага след това го награждава с Почетен кръст на ордена „Св. Александър“. Българският туристически съюз в София дава на Карел Шкорпил почетен диплом, вероятно за това, че е основал първото туристическо дружество във Варна. През 1939 година, вече 80-годишният Шкорпил получава диплом за почетен член на Българското дружество на ловците „Сокол“ във Варна и на Ловното дружество в София, въпреки че не е известно дали е бил член или основател на някакво ловно дружество.
Шкорпил получава редица признания и от родната си страна. Приет е за член-кореспондент на Кралското чешко общество за наука и получава най-високото тогава чехословашко отличие – „Орден на Белия лъв“ II степен. Годината на неговата 70-годишнина, той е приет за редовен член на Славянския институт в Прага.
Карел Шкорпил умира на 10 март 1944 г. в София, в къщата на дъщеря си Мария.
Погребан е по негово желание в развалините на Плиска, в близост до първия български храм, проучен от него.