Като учител Хермин Шкорпил е оставил най-приятни спомени у своите ученици, които са го обичали и дълбоко уважавали. Той е познавал основно България, преподавал е ясно и нагледно, и е умеел да буди жив интерес у своите възпитаници. В желанието си да ги запознае с природните богатства на „любезната ни татковина“, той организирал часове сред природата. Никой от неговите ученици не е забравил излетите, които им е устройвал, за да ги запознае нагледно с предметите, които са изучавали в гимназията. Любими и очаквани са били организираните от него екскурзии за събиране на хербарии, насекоми и минерали.
Ето какво разказва за една от тези екскурзии в своя спомен, един от учениците на Шкорпил от Сливенската гимназия – Юрдан Данчов (Юбилеен сборник на сливенската мъжка гимназия „Добри Чинтулов”-1934 г.):
„Този благ човек, който се бе всецяло предал на науката, ни водеше редовно извън града, за да ни запознае нагледно с предмета и изкуството да се събират и сушат цветя. Яхнал на кон, той вървеше вдълбочен напред, а ние учениците го следвахме на тълпи. Тези екскурзии бяха за нас истинско тържество. Като рояк пчели, неспокойни в постоянно движение, хвърляйки се от едно място на друго в преследването на някоя пеперуда или гущер, често навлизахме в лозята и правехме пакости, при което нашето движение приличаше на хунско нашествие. Но спокойното държане на учителя, особено неговата колониална сламена шапка, хербариумите и разните стъкларии по него внушаваха респект на бедните блюстители на обществения ред и за нас законът не се прилагаше. За да ни успокои малко, добрият Шкорпил ще се обърне към нас и ще поръча да запеем. Тогава под ритъма на войнишка песен ние се нареждахме на стройни редове и с пеперудени мрежи на рамо, вървяхме мирно и в такт, необезпокоявайки хорския имот, нито пък пеперудите и множеството други животинки, що ни се изпречваха на пътя.
По време на своите екскурзии учениците се надпреварват кой да донесе повече интересни растения или насекоми на учителя, който с безкрайно търпение и любов обяснява на всеки. След изморителния ден от безкрайни лудувания Шкорпил изважда от чантата си няколко портокала, а учениците го заобикалят в очакване на традиционната почерпка“.

За този портокал Ю. Данчов пише: „И днес осминката портокал, която получаваше всеки един от нас, ми е останал най-приятния спомен от екскурзиите ни по ботаника и зоология.”.
През учебната 1882/1883 год. в Сливенската гимназия Хермин Шкорпил открива
кабинет по естествена история с малка ботаническа градина в двора на училището и нумизматична сбирка от 160 римски, византийски, османски, китайски и други монети.