Във Варна, Карел живее със семейството си и брат си Хермин в семейна къща, която проектира сам. От 28 октомври 1926 г. до 15 март 1939 г. в същата сграда се помещава седалището на почетното чехословашко консулство, за чийто ръководител Карел Шкорпил е определен от президента Т. Г. Масарик. Къщата се намира в центъра на Варна, в близост до Археологическия музей, на улица, която днес носи името „Братя Шкорпил“.