Голяма част от черновите бележки на Карел Шкорпил, свързани с проучванията на Аладжа манастир (на брой около 100) се пазят в научния архив на БАН. В архива на Варненския археологически музей също има запазени документи. Сред тях са две окомерни скици, правени въз основа на наблюденията на Карел Шкорпил с бинокъл на останките на стенописната украса от тавана на притвора и външната стена на параклиса (недостъпен по това време).

Архитектурен план на манастирската църква и килиите, изработен с голяма прецизност от Карел Шкорпил.

Окомерни скици, представящи съхранената по време на Карел Шкорпил храмова живопис от манастира.

Чернови бележки на Карел Шкорпил свързани с проучванията на Аладжа манастир.