Отговаряйки на апела на Министерството на Източна Румелия, Хермин Шкорпил пристига в България през 1880 г., времето когато се създават първите гимназии в Пловдив и в Сливен. Времето, когато българската държава /Източна Румелия/ едва започва да изгражда своята образователна система и няма достатъчно квалифицирани кадри за целта. Въпреки всичко, изискванията към учителите, особено към чужденците, били твърде големи и от тях се изисквало да преодолеят доста трудности и бариери.

Хермин пристига в България с голямата нагласа и намерения за едновременна изследователска дейност заради „близостта на Балкана, който е геологично слабо изследван“. Той използва всяко свободно от учителските задължения време /както по-късно и Карел/ за своите пътувания и проучвания. Наред с геологическите си проучвания, събира и много археологически паметници.

През своята 26-годишна учителска дейност, Хермин преподава история на природознанието, зоология, ботаника, минералогия, география, химия, немски език, антропология, аритметика и чертане. Още през 1881 г. в Сливен, той издава малката книга „Някои бележки върху пловдивските води“ и се посвещава на комисията по снабдяване на водата на град Пловдив. През 1882 г. в първия годишен отчет на Областната реална гимназия в Сливен за 1881-1882 г. пише книгата „Геологическа карта на Южна България“. Във втория годишник на гимназията през 1883 г. публикува „Едновремешно море в околностите на Сливен“.

През 1884 г. в Сливен Хермин основава археологическо дружество и музей. По същото време в България пристига и по-малкия му брат – Карел, който работи заедно с него върху написването на учебник по география. Първото издание е под заглавие „География и статистика на Княжество България за долните и горните класове на гимназиите, въобще и за всички, които искат да се запознаят с Отечеството си“. По-късно двамата продължават да работят по неговото допълнение, обогатено с нови факти.

През 1886 г. Хермин Шкорпил заминава в София, където работи заедно с археолога Вацлав Добруски, по-късно директор на Националния музей в София, при систематичното изграждане на археологическата колекция на музея.

През 1888 г. братята издават първата книга от поредицата „Паметници из Българско“ със заглавие „Тракия“ (Сакар планина и околностите й).

През 1895 г. Хермин, пръв с брат си Карел поставя скеле под релефа на Мадарския конник, създават документация от фотографии и рисунки на релефа и трите надписа.

През 1896 г. Хермин отпечатва статията „Първобитните люде в България“, както и студията „Доисторические памятники Болгарии“ в протоколите на руския сборник „Записки Одесского общества истории и древностей XIX“.

На чешки, френски, а в последствие и на български език, двамата братя публикуват изследвания по спелеология в трактата „Кражски явления (подземни реки, пещери и извори)“. А през 1898 г. в поредицата „Паметници из Българско“, издават работата „Могили“ (Пловдив, 165 страници, със 70 изображения), в която представят информация за повече от 1000 могили на територията на България.

По време на дейността си в Русе през 1902 г., Хермин основава „Природоизпитателно дружество“ и прави описание на археологическата колекция, като заедно с брат си подава молба за създаването на музей. Тя е одобрена и на 1 януари 1904 г. към реалната гимназия „Княз Борис“ е основан археологически музей.

През 1904 г. Хермин отпътува за Варна, където живее заедно с брат си и семейството му на улица, която след 1923 г. до 50-те години на XX век носи името на Хермин Шкорпил (днес „Братя Шкорпил“).

Във Варна двамата братя Шкорпил създават системна документация на града. Полагат основите на археологическата, етнографската, топографската, топомастичната, демографската, картографската, фотографската и скицната документация и защитата на разрушаваните паметници от времето на османското владичество.

Малко след идването си във Варна, Хермин Шкорпил е избран за председател на Варненското археологическо дружество. Този пост заема до смъртта си през 1923 г. Хермин изцяло се посвещава на многостранната дейност на Дружеството, на редакционната работа в „Годишните отчети“ и „Известията“ на Варненското археологическо дружество, публикува, изнася лекции и сказки, изследва и популяризира. Статиите, писани в повечето случаи от двамата братя, съдържат съобщения за резултатите от археологическите изследвания във Варна и Варненско - на римския водопровод, римските бани, изследвания на предисторическите сферични постройки на брега на езерото, на варненските могили, на пясъчния насип между Черно море и Варненското езеро.

Двамата изследват архивите, свързани с похода на полските и унгарските войски с чешките хусити, разположени в Словакия и познати като Искровци, които заедно с румънци, сърби, български доброволци и италианския флот участват в битката при Варна. Карел и Хермин Шкорпил пишат няколко статии свързани с тази проблематика, като през 1923 г. издават по-обширната книжка „Владислав Варненчик 1444-1923“, с карта.

Хермин извършва изследвания на подвижните Златни пясъци; на интересното природно явление, известно в България като Побити камъни; на изворите на река Девня. Организира изложби, от които значима е изложбата „Варна в картини“, към която се издава каталог. Изложбата съдържа исторически карти, планове, рисунки и литографии, фотографии и акварели на чеха Индржих Кноб, запазени и до днес. От археологическите изследвания, в които активно участва Хермин, трябва да се споменат Аладжа манастир и християнски базилики от IV-VI век.

За своята работа не само в България, но и чужбина, Хермин Шкорпил получава огромно признание. Избран е за член-кореспондент на Градския музей във Високе Мито, член-кореспондент на Императорския археологически институт със седалища в Берлин, Рим и Атина, на Австрийския археологически институт във Виена, на Природонаучното общество в Петроград, на Руския археологически институт в Константинопол и на Археологическия институт в София.

След като на 25 юни 1923 г. Хермин Шкорпил умира, Варненското археологическо дружество решава да бъде погребан на Змийския връх /Илан тепе/ до Джанавара, в близост до раннохристиянската базилика, която той проучва то 1919 г.